İsrail'in, Gazze'ye yardım götüren gemilere saldırmasının ardından Atlasjet Havayolları, daha önce İsrail havayolu şirketi EL AL ile yaptığı ortak uçuş anlaşmasını karşılıklı mutabakata vararak iptal etti.

Mart ayında Atlasjet ile EL AL İsrail Havayolları arasında imzalanan ortak uçuş anlaşmasıyla, 20 Haziran 2010 tarihinden itibaren İstanbul-Tel-Aviv arasında haftada karşılıklı 7 sefer gerçekleştirilecekti. Yaşanan gelişmeler sonrası iki şirket yetkilileri karşılıklı olarak anlaşmayı durdurdu.